ちなみにソフトウェア業を営む我々が作成するプログラムやシステムは特許権とどんな関係があるのでしょうか。
特許権を取得できる発明として「物の発明」と「方法の発明」があり、プログラムは物の発明に含まれます。
（定義）
第二条 この法律で「発明」とは、自然法則を利用した技術的思想の創作のうち高度のものをいう。
２ この法律で「特許発明」とは、特許を受けている発明をいう。
３ この法律で発明について「実施」とは、次に掲げる行為をいう。
一 物（プログラム等を含む。以下同じ。）の発明にあつては、その物の生産、使用、譲渡等（譲渡及び貸渡しをいい、その物がプログラム等である場合には、電気通信回線を通じた提供を含む。以下同じ。）、輸出若しくは輸入又は譲渡等の申出（譲渡等のための展示を含む。以下同じ。）をする行為
二 方法の発明にあつては、その方法の使用をする行為
三 物を生産する方法の発明にあつては、前号に掲げるもののほか、その方法により生産した物の使用、譲渡等、輸出若しくは輸入又は譲渡等の申出をする行為
４ この法律で「プログラム等」とは、プログラム（電子計算機に対する指令であつて、一の結果を得ることができるように組み合わされたものをいう。以下この項において同じ。）その他電子計算機による処理の用に供する情報であつてプログラムに準ずるものをいう。
作成したプログラムですが、特許の定義に従うと、「技術的な思想」であるのは確かだと思います。また、コンピュータを利用したプログラムとなると「創作のうち高度のもの」に該当するようです。
後は、「自然法則を利用」がどうなるかなのですが、この点は、第二条の４項で、プログラムについて記載されているので、特許の取得する基準としてはクリアと考えて良いのでしょう。
